En cada mundo de Yoshi's New Island nos espera un auténtico reto, desbloquear y completar el mundo oculto. Para ello, en cada fase tenemos que:

- Conseguir las 20 monedas rojas
- Encontrar las 5 flores
- Llegar a la meta con 30 segundos de tiempo (20 segundos extra).

La parte 'positiva' es que no hay que conseguir los 3 objetivos simultáneamente (aunque se puede hacer), y si entramos en una fase ya completada podemos tener incluso ventajas (por ejemplo, si conseguimos las monedas las rojas que volvamos a coger se sumarán varias veces...).

Al completar una fase de Yoshi's Island, y según el número de flores que hayamos encontrado, podemos conseguir hasta 5 medallas. Según el mundo en el que estemos jugando, esto desbloqueará interantes recompensas:

- 1 vida extra: Colecciona 10 medallas
- 3 vidas extras: Colecciona 20 medallas
- Nivel especial de vehículo: Colecciona 30 medallas de cada mundo.

¡Ojo! Las 30 medallas se pueden desbloquear en la misma fase, ya que son acumulativas.