La historia está ambientada después de los eventos relatados en 2021 en Atelier Ryza 2: Lost Legends & the Secret Fairy, siendo la última escapada veraniega hasta el momento en el que se nos presenta a su protagonista, Ryza y a sus amigos disfrutando de su apacible vida en la isla de Kurken cuando se enteran de que ha aparecido un misterioso grupo de islas en las aguas cercanas. Resulta que estas islas, conocidas como Islas Kark, están teniendo un efecto negativo en su tierra natal, por lo que Ryza y sus amigos se ponen rápidamente a investigar. Pero cuando su investigación les lleva a una enorme puerta en las profundidades de unas extrañas ruinas, Ryza escucha una inquietante voz en su cabeza que quiere llevarla al "Código del Universo".
Mientras descubren los misterios que rodean a las islas, Ryza y sus amigos pueden explorar con un mayor sentido de la aventura que en los anteriores juegos de la saga, descubriendo lugares emblemáticos, zonas ocultas, fauna y flora, e, incluso, misiones que aparecen al azar. La historia avanza a través de encuentros y descubrimientos en el campo y bajo el agua, ya que una de las novedades de esta entrega es que ahora Ryza puede escalar acantilados, lanzarse en tirolina por la costa e invocar una bestia acuática para escalar cascadas.
En cuanto a los personajes, también vamos a tener el regreso de muchos de los viejos conocidos de entregas anteriores de la saga de Ryza, que es conocida oficialmente como la "sub-serie" Secret independiente del resto de series de la saga Atelier en la que de momento solo están los tres títulos de Atelier Ryza. Podéis echarle un vistazo a todos los personajes confirmados hasta el momento en los que encontraremos a la propia Ryza, con un total de once miembros del grupo aparecerán en esta última entrega, ¡una de las listas más grandes de la historia de la serie! En esta tercera aventura veraniega regresan la fiable y simpática Ryza, la inteligente y trabajadora Klaudia, el devoto investigador de las ruinas Tao, así como el humilde y sincero Lent.