Darksiders Genesis nos ofrece controlar a dos personajes si jugamos en solitario, o bien a uno cada jugador si jugamos en cooperativo. Cada uno de estos personajes tiene su propio árbol de habilidades que se irá abriendo conforme derrotemos a diferentes enemigos y ganemos experiencia, aunque el sistema no funciona con puntos como en otros RPGs, sino con un sistema de esferas o núcleos conocido como "Creature Cores" o Núcleos de enemigos.