Lo que nos vamos a encontrar en Hidden Deep es la posibilidad de controlar a un grupo de cuatro miembros que se encuentran explorando una vasta instalación de investigación y minería suboceánica que han encontrado en una misión de expeleología, y que resulta estar habitada por criaturas alienígenas de diferente tipo, como pequeñas criaturas que vuelan y nos persiguen, o también otras que salen del suelo y el techo y que parecen sacadas directamente de juegos como Half-Life.
Nuestro equipo de cuatro investigadores debe explorar una misteriosa instalación a 1,6 km por debajo del fondo del océano para averiguar qué le ha sucedido a la tripulación de la estación que aparentemente ha desaparecido. Podremos controlar a cada miembro por separado, conjuntamente o dar órdenes para que realicen acciones usando una variedad de artilugios como garfios, escáneres, drones, maquinaria pesada entre otros, mientras que nos abrimos paso ante las criaturas de las que debemos huir, esquivar o dispararles para acabar con ellas, aunque también nos encontraremos con otros humanos que nos pondrán las cosas difíciles en un modo historia con más de 50 niveles narrativos hechos a mano que rinden homenaje a los clásicos de ciencia ficción de los 80 y los 90.
Además del modo historia, Hidden Deep cuenta con un Modo desafío con niveles aleatorios para extender la vida del juego unas cuantas horas más.