Esto quiere decir que estamos ante un juego en el que controlaremos a un único personaje en pantalla en las fases en las que tengamos que movernos y desplazarnos en 2D, como si de un arcade de plataformas de scroll lateral se tratase, controlando a Ajna, la protagonista del juego. Con ella, podremos movernos, realizar un salto o un doble salto, deslizarnos por el suelo, y apoyarnos en la pared en un salto para ir saltando de muro a muro y llegar así a zonas de otra forma imposibles. Estas serán las fases de exploración en las que gran parte de la aventura tendrán lugar, pero no todo será así.
En nuestra exploración encontraremos diferentes tipos de enemigos, a los que podremos esquivar realizando salto o desplazamientos, pero también podremos atacar en tiempo real, como si de un hack'n slash se tratase. Eso sí, este ataque en tiempo real solo sirve como toma de contacto con el enemigo, ya que el juego cuenta con un sistema de combate por turnos, con el juego pausado. De esta forma, esta toma de contacto nos permite realizar el primer ataque al enemigo, atacarle por la espalda para tomar la iniciativa, o que nos pille por sorpresa en un intento por esquivarlos y que sean ellos quienes nos ataquen por nuestra espalda.
Una vez en combate, entraremos en el clásico sistema de Valkyrie Profile, con hasta cuatro personajes en nuestro grupo (al principio iremos solos hasta que los vamos reclutando), y cada personaje tiene asignado un botón del mando (o una tecla del teclado, según sea la versión). Así, para poder realizar un ataque al enemigo, tendremos que pulsar dicho botón cuando llegue el turno y dicho personaje realizará un ataque automático al enemigo que tenga la flecha verde encima, la cual la moveremos nosotros con el analógico antes de cada ataque.
El turno de cada personaje estará marcado por un pequeño indicador situado debajo de cada uno de ellos de forma circular, el cual se va rellenando conforme pasan los segundos permitiendo así el ataque. Si un personaje tiene más de uno de estos indicadores quiere decir que el ataque será más poderoso cuanto más de estos se llenen. Además, cada uno de los ataques, enemigos o aliados, tendrán un color dependiendo del tipo que sea, siendo:
- Rojo es un ataque estándar y pueden ser bloqueados.
- Amarillo es un ataque de agarre, los cuales no se pueden bloquear, pero si pulsas el botón de defensa en el momento adecuado, permite esquivarlos.
- Negro indican ataques no bloqueables, que son de naturaleza mágica. Sin embargo, aunque los llamemos "no bloqueables", algunos personajes pueden bloquearlos o evadirlos.
También contamos con la opción de defensa de los ataques, la cual se mide gracias a la barra de indicador iddhi situada en la parte superior izquierda, y que se va llenando conforme realizamos ataques. Si defendemos a un personaje, la energía iddhi disminuirá, y si pulsamos L1 se defenderán todos a la vez, pero la energía se disminuirá mucho más rápidamente, hasta agotarse y eliminar la posibilidad de realizar defensa para ningún personaje hasta que se vuelva a llenar. El número que aparece en la parte izquierda de esta barra indica el número de barras de defensa que tendremos para gastar acumuladas.