Historia de NEO The World Ends with You

Al igual que su primera parte, NEO The World Ends with You es un Action-RPG con una historia que nos sitúa en una de las regiones más conocidas de todo Tokio como es Shibuya, de sobra conocida por su cruce por el que circulan millones de personas todos los días. Uno de estos días conocemos a nuestro protagonista, Rindo, un chico normal que un día normal se ve envuelto en una batalla psíquica en Scramble Crossing, el cruce previamente mencionado, hasta que peinsa que podría haber escapado. En ese momento, una chica llama que se llama a si misma "Reaper" o Segadora, aparece frente a él y le habla:

"Bienvenido al Juego de los Segadores, chico".

Seguramente nada terrible podría pasar en un juego..., piensa Rindo. Con este pensamiento en mente Rindo se une casualmente al juego con su amigo, Fret, pero a medida que comienzan a jugar, los dos comienzan a sentir que algo no está del todo bien. ¡Hay algo extraño en este "Shibuya" en el que están! Y es que no se encuentran en el mismo Shibuya que todo el mundo conoce sino en una especie de realidad diferente. Mientras la pareja lidia con sus dudas, de repente se enfrentan a la regla del Juego: ganar o ser eliminado. En este segundo Shibuya llamado Shibuya's Undergound (o UG), deben competir con los otros jugadores para tomar el primer lugar y sobrevivir.

¿Conseguirán Rindo y Fret regresar al Shibuya original...?